Objava v reviji I-Science

Bivša magistrska študentka biokemije Vida Štrancar in doktorska študentka Katarina P. van Midden ter raziskovalca prof. dr. Marko Novinec in doc. dr. Marina Klemenčič s Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo so v sodelovanju z raziskovalci z Univerze v Umeu (Švedska), Univerze v Gentu (Belgija) in Univerze v Oxfordu (Združeno kraljestvo) pod vodstvom prof. dr. van der Hoorna objavili članek v reviji I-Science (Cell Press) z naslovom »Sonde na osnovi aktivnosti ujamejo zgodnje aktivne intermediate med aktivacijo metakaspaz« (Activity-based probes trap early active intermediates during metacaspase activation).

V članku so predstavili razvoj in uporabo novih tetrapeptidnih sond za označevanje aktivnih oblik metakaspaz. Metakaspaze so proteaze, ki jih najdemo pri  praživalih, glivah in rastlinah. V celicah opravljajo mnogo pomembnih funkcij, njihova natančna vloga pa še ni v celoti znana. Sonde, ki so podobne substratom teh proteaz, so sestavljene iz tetrapeptida, preko katerega proteaza sondo prepozna, aciloksimetilketonske glave (AOMK), ki se lahko kovalentno veže v aktivno mesto proteaze in s tem prekine njeno delovanje, ter alkinske ročice, preko katere lahko s klik kemijo na sondo vežemo različne oznake (npr. fluorofore). Sonde, ki so jih razvili raziskovalci, tako na enostaven način označijo le tiste metakaspaze v vzorcu, ki so aktivne.

Uporaba novih sond je raziskovalcem omogočila podroben študij mehanizma aktivacije metakaspaz s kalcijemi ioni. Z njimi so zaznali prisotnost aktivnih, doslej še neznanih intermediatov v procesu aktivacije teh encimov. S tem so pomembno prispevali k razumevanju aktivacije vseh treh tipov metakaspaz, tovrstne sonde pa bodo v prihodnje morda tudi pripomogle k odkrivanju bioloških vlog teh zanimivih encimov.

Povezava do članka: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S258900422201519X?via%3Dihub